생각보다 엄격한 이전공공기관 종사자의 취득세 감면 요건 정리

이전공공기관 종사자들이 아파트를 분양받은 경우 모두가 취득세 감면이 되는 것이라고 오해하고 있는 분들이 계십니다. 그런데 누구나 취득세 감면을 받는 것은 아니며 요건 또한 의외로 엄격한데, 취득세 감면 요건과 관련 쟁점을 살펴보며 기준을 알려드리도록 하겠습니다. 우선 취득세 감면 조문은 다음과 같습니다.

(1) 지방세특례제한법 제81조(이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면)

① 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 “이전공공기관”이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2017년 12월 31일까지 경감하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.  <개정 2013. 1. 1., 2013. 3. 23., 2015. 12. 29., 2016. 12. 27., 2017. 12. 26.>

② 이전공공기관의 법인등기에 대해서는 2016년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.  <개정 2013. 1. 1., 2015. 12. 29.>

③ 제1호 각 목의 자가 해당 지역에 거주할 목적으로 주택을 취득함으로써 대통령령으로 정하는 1가구 1주택이 되는 경우에는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 취득세를 2022년 12월 31일까지 감면한다.  <개정 2011. 12. 31., 2013. 1. 1., 2015. 5. 18., 2015. 12. 29., 2016. 12. 27., 2020. 1. 15.>

1. 감면 대상자

가. 이전공공기관을 따라 이주하는 소속 임직원

나. 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제16조에 따른 이전계획에 따라 행정중심복합도시로 이전하는 중앙행정기관 및 그 소속기관(이전계획에 포함되어 있지 않은 중앙행정기관의 소속기관으로서 행정중심복합도시로 이전하는 소속기관을 포함하며, 이하 이 조에서 “중앙행정기관등”이라 한다)을 따라 이주하는 공무원(1년 이상 근무한 기간제근로자로서 해당 소속기관이 이전하는 날까지 계약이 유지되는 종사자 및 「국가공무원법」 제26조의4에 따라 수습으로 근무하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

다. 행정중심복합도시건설청 소속 공무원(2019년 12월 31일 이전에 소속된 경우로 한정한다)

2. 감면 내용

가. 전용면적 85제곱미터 이하의 주택: 면제

나. 전용면적 85제곱미터 초과 102제곱미터 이하의 주택: 1천분의 750을 경감

다. 전용면적 102제곱미터 초과 135제곱미터 이하의 주택: 1천분의 625를 경감

④ 제3항에 따라 취득세를 감면받은 사람이 사망, 혼인, 해외이주, 정년퇴직, 파견근무 또는 부처교류로 인한 근무지역의 변동 등의 정당한 사유 없이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.  <신설 2011. 12. 31., 2015. 12. 29., 2017. 12. 26.>

1. 이전공공기관 또는 중앙행정기관등의 이전일(이전공공기관의 경우에는 이전에 따른 등기일 또는 업무개시일 중 빠른 날을 말하며, 중앙행정기관등의 경우에는 업무개시일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 전에 주택을 매각ㆍ증여한 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 날부터 2년 이내에 주택을 매각ㆍ증여한 경우

가. 해당 기관의 이전일(이전공공기관 또는 중앙행정기관등에 소속된 임직원 또는 공무원의 경우만 해당한다)

나. 주택의 취득일

⑤ 제3항제1호에 따른 이전공공기관, 중앙행정기관등, 행정중심복합도시건설청 및 세종청사관리소(이하 이 항에서 “감면대상기관”이라 한다)의 소속 임직원 또는 공무원(소속기관의 장이 인정하여 주택특별공급을 받은 사람을 포함한다)으로서 해당 지역에 거주할 목적으로 주택을 취득하기 위한 계약을 체결하였으나 취득 시에 인사발령으로 감면대상기관 외의 기관에서 근무하게 되어 제3항에 따른 취득세 감면을 받지 못한 사람이 3년 이내의 근무기간을 종료하고 감면대상기관으로 복귀하였을 때에는 이미 납부한 세액에서 제3항제2호에 따른 감면을 적용하였을 경우의 납부세액을 뺀 금액을 환급한다.  <신설 2013. 1. 1., 2015. 12. 29.> [제목개정 2011. 12. 31.]

(2) 취득세 감면 및 추징과 관련된 쟁점 사례

먼저 제81조 제3항 제1호 나목에 관련해서는 이전일 현재 기관 공무원으로 재직하고 있어야 합니다. 이와 관련해 조세심판원 사례가 하나 있는데, 이 사례는 대통령비서실에 근무하다가 이전기관이 된 기획재정부로 넘어가 아파트를 분양받으신 공무원이 본인도 취득세를 감면해달라고 하였지만, 인정이 되지 않았던 경우입니다. 이를 유추해보면 이전기관 이후 입사한 신규공무원들은 취득세 감면이 되지 않는다고 보는게 맞을 것 같습니다.

조심2019지2217(2019.09.05) 취득세
결정요지 
「지방세특례제한법」제81조 제1항 제1호 나목에서 규정한 "행정중심복합도시로 이전하는 중앙행정기관 및 그 소속기관을 따라 이주하는 공무원"이라 함은 해당기관이 이전할 당시 그 부서에 소속되어 있는 공무원으로 엄격하게 해석하는 것이 타당하다고 보이는 점, 기획재정부는 2012년 12월 세종특별자치시로 이전되었고, 청구인은 그 후인 2013년 5월 대통령비서실에서 기획재정부로 부처간 이동하여 이전 대상기관인 기획재정부를 따라 이주하는 공무원이 아닌 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 취득세 등 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

다음 사례는 가목의 이전공공기관을 따라 이주하는 소속 임직원에 소속기관에서 근무하고 있었던 사람이 본부에 근무하게 된다면 취득세 감면대상자에 해당하는지 보여준 사례가 있습니다. 행정안전부의 질의회신에서는 인사이동 등에 따라 언제든지 그 기관에 근무할 수 있게 되므로 소속기관 직원 역시 본부 직원과 대상이 같다는 논리로 가능하다고 회신해준 바 있습니다.

지방세특례제도과-1856(2019.05.14) 취득세
이전공공기관 이전 후 소속기관 직원이 인사발령 시 취득세 감면 여부 질의 회신
【질의요지】
이전공공기관(본사)의 지방 이전일 후 지사 직원이 본사로 인사발령 난 경우 취득세 감면대상인지 여부
【회신내용】
○ 「지방세특례제한법」제81조제3항제1호 가목에서 이전공공기관(「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 이전공공기관)을 따라 이주하는 소속 임직원이 해당 지역에 거주할 목적으로 주택을 취득함으로써 대통령령으로 정하는 1가구 1주택이 되는 경우에는 취득세를 감면한다고 규정하고 있습니다.
○ 이상의 이전공공기관의 임직원에 대한 감면은 이전공공기관을 따라 이주하는 임직원 등의 안정적인 주거정착을 통해 공공기관의 원활한 지방이전을 촉진하여 지역균형 발전을 강화하려는데 그 세제지원의 입법취지가 있다고 할 것입니다.
○ 귀문 관련 임직원이 이전공공기관의 공고일이나 이전일 당시에는 그 대상기관에 소속되어 있지 않더라도 당사자의 자발적인 의사에 따라 선택할 수 없는 순환보직 등으로 인한 인사발령에 따라 언제든지 그 대상기관에 근무하게 되는 점,「지방세특례제한법」제81조 제3항제1호 가목에서 감면 대상자인 ‘이전공공기관을 따라 이주하는 소속 임직원’에 해당되는 시점을 달리 규정하고 있지 않은 점 등을 고려할 때,
- 이전공공기관 이전일 당시에는 지사에서 근무하고 있었으나 이후 이전공공기관에 순환보직 등으로 인한 인사발령으로 거주지를 옮기게 되는 직원에 대해서도 취득세 등 지방세를 감면하는 것이 타당 (같은 취지의 해석사례 : 지방세특례제도-2267(2017.12.18.))하다고 사료되나, 이에 해당하는지 여부는 해당 과세관청에서 구체적인 사실관계를 확인하여 판단하여야 할 것입니다.

반면 취득세 감면이라는 것은 큰 혜택이므로 정당한 사유 없이 2년 이내에 매각 등 이를 어길 시 취득세를 환수하고 있습니다. 2년 이내에 배우자에게 증여한 경우도 정당한 사유가 없다고 보아 취득세를 추징한 사례가 있습니다. 

조심2016지0473(2016.06.22) 취득세
이전 중앙행정기관의 지방청 발령이 「지방세특례제한법」제81조 제4항에 따른 추징배제 요건인 정당한 사유에 해당하는지 여부
결정요지
청구인은 지방청 발령을 파견근무에 준하는 것으로 보아 정당한 사유로 인정하여야 한다고 주장하나,「국가공무원법」상 파견근무는 소속 공무원이 다른 공공단체 등에 일정 기간 파견하여 근무하는 것을 말하므로 한 기관 내에서의 지방청 발령을 파견근무와 동일하게 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 주택 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 증여한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 2011.2.28. 국세청에 발령받아 근무하던 중 2012.8.31. 이 건 주택을 특별분양받아 취득하고, 처분청으로부터 OOO으로 발령받아 심리일 현재 근무 중에 있으며, 이 건 주택 취득일부터 2년 이내인 2014.3.26. 이 건 주택을 배우자에게 증여한 사실 등을 알 수 있다.
(2) 「지방세특례제한법」 제81조 제3항 및 제4항에서 행정중심복합도시로 이전하는 중앙행정기관 등을 따라 이주하는 공무원이 해당 지역에 거주할 목적으로 취득하는 주거용 건축물 등에 대해서는 취득세를 감면한다고 규정하면서, 감면받은 후 사망, 혼인, 해외이주, 정년퇴직, 파견근무 또는 부처교류로 인한 근무지역의 변동 등의 정당한 사유 없이 주거용 건축물 등을 취득한 날부터 2년 이내에 매각하거나 증여하는 경우에는 기 감면한 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 지방청 발령을 파견근무에 준하는 것으로 보아 정당한 사유로 인정하여야 한다고 주장하지만, 「국가공무원법」상의 파견근무는 소속 공무원이 다른 공공단체 등에 일정 기간 파견하여 근무하는 것을 말하므로 한 기관 내에서의 지방청 발령을 파견근무와 동일하게 보기 어려운 점, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하므로 중앙행정기관 등의 소속 공무원의 특별분양으로 인한 취득에 대한 취득세 등의 감면은 특별한 감면규정으로 더욱 엄격하게 해석하여야 하는 점, 청구인은 이 건 주택 취득일부터 2년 이내에 배우자에게 증여한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 주택 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 증여한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

대표적인 사례를 소개해드리니 취득세 감면 대상여부를 확인하시고 취득세가 감면이 되지 않는다면 세금 낼 자금 계획을 미리 준비하시기 바랍니다.