조합원입주권을 산 후 주택을 취득하였다면 1주택 비과세가 안돼요

기존 주택이 재개발이 되는 경우도 있겠지만, 조합원으로부터 조합원입주권을 사는 경우도 많습니다. 그런데 조합원입주권을 사는 경우에는 입주권을 1주택으로 보고 있기 때문에 다른 주택이 있다면 1세대 2주택이 됩니다. 조세심판원의 사례를 같이 보시면서 확인해보겠습니다.

처분 개요

가. 청구인의 배우자 aaa은 2014.4.7. 재개발아파트인 OOO(이하 “이 건 재개발주택”이라 한다)의 구주택 원 조합원인 bbb으로부터 조합원입주권을 취득하였고, 청구인은 2014.8.27. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.
나. 이 건 재개발주택은 2020.4.29. 준공되었고, 청구인과 청구인의 배우자 aaa은 2020.5.25.부터 이 건 재개발주택에 함께 거주중이며, 청구인은 2020.5.25. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고 쟁점주택 양도에 대하여 2020.7.29. 양도소득세 비과세 신고를 하였다.
다. 처분청은 쟁점주택 양도에 대한 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과 쟁점주택의 양도를 비과세 대상이 아닌 1세대 2주택 중과대상으로 판단하여 2020.12.11. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.8. 심판청구를 제기하였다.

사례에서는 조합원입주권을 먼저 취득 후 다른 주택을 취득해 2주택이 되었으나, 1주택으로 판단하여 비과세 신고 후 과세관청에서 경정하게 된 사례입니다. 

조세심판원의 1세대 1주택 여부 판단

① (주위적 청구) 조합원입주권 취득 후 재개발사업 시행기간 중 거주를 위하여 쟁점주택을 취득하였으므로 쟁점주택 양도에 대하여 「소득세법」 제89조 제2항 단서에 따라 예외적으로 1세대1주택 비과세가 인정되어야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 쟁점주택 양도 당시 조합원입주권이 주택으로 변환되었으므로 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 2호에 따라 쟁점주택을 종전주택으로, 이 건 재개발주택을 대체주택으로 보아 일시적 2주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 

결론적으로는 두 주장 모두 받아들여지지 않았습니다. 왜 그렇게 판단했는지 아래 결정 요지를 확인해보시죠.

이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.
 
(가) 「소득세법」 제89조 제2항은 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도하는 경우 원칙적으로 1세대1주택 비과세를 적용하지 아니하는 것으로 규정하면서, 그 단서에서 “재건축‧재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하여 예외적으로 1세대1주택 비과세를 인정하고 있는바, 동 단서 규정은 2005.12.31. 「소득세법」 개정시 조합원입주권도 1세대1주택 비과세를 적용함에 있어 주택수에 포함하도록 하면서 예외적으로 대통령령으로 정하는 사유 및 요건에 해당하는 경우에는 주택수에서 제외하는 것으로 규정하였다고 볼 수 있다.
 
(나) 이에 따라 「소득세법 시행령」 제156조의2 제3항부터 제11항은 주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례가 적용되는 사유 및 요건을 구체적으로 규정하고 있는바, 제5항은 “국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 대체주택을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다”고 규정하고 있으므로, 국내에 1주택을 소유하던 중 그 주택에 대한 재개발‧재건축사업으로 대체주택을 취득한 것이 아니라 청구인과 같이 조합원입주권을 승계취득한 경우는 동 규정의 적용 대상에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당하고, 청구인 주장과 같이 「소득세법」 제89조 제2항 단서를 해석함에 있어 “재건축‧재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우”에는 별도의 구체적인 요건 충족 없이 조합원입주권을 주택수에서 제외하는 것으로 볼 경우, 「소득세법 시행령」 제156조의2 제3항부터 제11항에서 1세대1주택의 특례가 적용되는 사유 및 요건을 구체적으로 규정한 취지가 몰각되는 결과가 되어 받아들이기 어렵다.
 
(다) 따라서 쟁점주택 양도에 대하여 「소득세법」 제89조 제2항 단서에 따른 1세대1주택 비과세가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
 
(8) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
 
(가) 「소득세법 시행령」 제156조의2는 2005.12.31. 「소득세법」 및 「소득세법 시행령」 개정시 신설된 규정으로, 그 취지는 1세대가 일시적으로 “1주택과 1입주권” 또는 “2주택”을 소유하더라도 실수요 목적으로 주택 또는 입주권을 취득한 경우에는 주택 양도시 양도세 비과세를 허용하여 1세대1주택자의 주거생활 안정을 지원”하고자 하는 것인바, 이는 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도하는 경우 일정 요건을 충족하는 경우에만 양도소득세를 비과세하겠다는 취지로 보아야 하고, 이는 양도일 현재 재건축주택이 완공되어 조합원입주권 상태가 아니라고 하더라도 「소득세법 시행령」 제155조 제1항이 아닌 「소득세법 시행령」 제156조의2에 따라 비과세 여부를 판단하겠다는 것이며, 주택과 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도하는 경우에는 일시적 1세대 2주택에 대한 양도소득세 비과세규정인 「소득세법 시행령」 제155조 제1항의 적용이 배제된다는 취지로 보아야 할 것이다.
 
(나) 따라서 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 제2호에 따라 쟁점주택을 종전주택으로 하고 이 건 재개발주택을 대체주택으로 보아 일시적 2주택 규정을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 위 「소득세법 시행령」 제156조의2의 신설 취지와 부합하지 아니하는 것으로서 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

관련 조문도 더 살펴보아야 하지만 조문 자체가 방대하고 이해하기 어려우므로 위 사례에 해당한다면 나도 비과세로 신고할 수는 없겠다고 생각하시면 될 것 같습니다.